I fondi inclusi in questa sezione costituiscono in un certo senso il nucleo più qualificante del patrimonio dell'Istituto, uno dei cui compiti istituzionali è proprio quello di accogliere la documentazione prodotta dagli organi periferici dello Stato italiano operanti nel territorio di sua competenza. Su questi archivi, peraltro, l'Archivio di Stato interviene sin dalla fase della loro formazione con le funzioni di vigilanza e di tutela esercitate attraverso lo strumento delle commissioni di sorveglianza e scarto. I versamenti periodici a norma di legge fanno sì che questo segmento del patrimonio subisca un costante incremento ed è per questo che per gli organi tuttora esistenti qui non si forniranno in modo pedissequo estremi cronologici di riferimento.
Un primo gruppo di fondi è quello relativo alla rappresentanza del governo centrale nel territorio provinciale, con l'ampio fondo della Prefettura di Rieti, istituita con la nascita della provincia nel 1927 e tuttavia depositaria di documentazione antecedente che ora è in consultazione presso l'Archivio di Stato. Per la fase precedente si conserva una parte molto esigua dell'archivio della Sottoprefettura di Rieti, con carte dal 1860 al 1900 il cui grosso si riferisce in realtà agli anni 1860-1866. Una parte della documentazione mancante si trova, appunto, nel fondo della Prefettura e altra ancora all'Archivio di Stato di Perugia. L'istituto umbro è del resto una meta obbligata per avere un quadro più preciso delle fonti disponibili sul periodo di afferenza di Rieti alla provincia umbra, così come lo sono l'Archivio di Stato di Roma per gli anni compresi tra il 1923 e il 1926 e l'Archivio di Stato dell'Aquila per tutto il periodo post-unitario fino al 1927, anche se adesso il fondo della Sottointendenza e Sottoprefettura di Cittaducale, in consegna all'istituto abruzzese, è consultabile in formato digitale anche a Rieti (in caso di utilizzo e di citazione, le unità archivistiche afferenti al fondo devono essere correttamente accreditate come parte del patrimonio dell'Archivio di Stato dell'Aquila).
Un altro fondo in costante incremento è quello della Questura di Rieti, grazie al quale sono pervenute all'Archivio di Stato di Rieti le preziose carte relative al campo profughi di Castelnuovo di Farfa. Oltre alla documentazione della Polizia di Stato l'Istituto ha accolto anche quella della Polizia stradale di Rieti, con fascicoli relativi a incidenti stradali dal 1947 al 1980.
Quantitativamente imponente è poi il gruppo degli archivi giudiziari, a cominciare da quelli del Tribunale di Rieti e della Procura della Repubblica presso il Tribunale di Rieti. Nell'Istituto reatino sono stati ovviamente concentrati gli archivi delle varie preture: oltre a quello della pretura di Rieti si dispone delle carte di quelle di Amatrice, di Antrodoco, di Borbona, di Cittaducale, di Fara in Sabina, di Leonessa, di Magliano Sabina, di Orvinio, di Poggio Mirteto e di Roccasinibalda. Con le preture di Borgocollefegato (Borgorose) e di Fiamignano sono giunte in Istituto anche le carte degli uffici che le avevano precedute nel regno delle Due Sicilie, le rispettive giudicature regie. Completano il quadro degli archivi giudiziari quelli degli uffici di conciliazione di Antrodoco, di Borgovelino, di Montopoli e Bocchignano, di Rieti. Sempre dall'alveo del ministero di Grazia e giustizia (oggi della Giustizia) proviene anche l'archivio del Subeconomato dei benefici vacanti di Rieti (1903-1932), da integrare, per coprire l'intero territorio provinciale e tutta la diocesi di Rieti, con quello dell'Aquila consultabile nell'Archivio di Stato di quella città, e quello della Casa circondariale di Rieti.
Venendo alla documentazione finanziaria, l'Archivio di Stato di Rieti conserva i fondi dell'Intendenza di finanza di Rieti, degli uffici distrettuali delle imposte dirette di Amatrice, di Borgocollefegato, di Cittaducale, di Orvinio e di Rieti, dell'Ufficio del registro di Rieti, dell'Ufficio provinciale del tesoro di Rieti e della Ragioneria provinciale dello Stato di Rieti, con il quale sono pervenute all'Istituto le carte degli enti mutualistici soppressi. Si segnala inoltre il piccolo fondo dell'Amministrazione autonoma dei monopoli di Stato relativo ai magazzini di vendita di Antrodoco e Poggio Mirteto.
Del ministero del Lavoro e delle politiche sociali si conservano l'archivio della Direzione territoriale del lavoro di Rieti, in precedenza provinciale, oggi sostituita dall'Ispettorato territoriale del lavoro di Rieti-Terni, e quello dell'Ente nazionale assistenza orfani lavoratori italiani - ENAOLI di Rieti (le cui funzioni, dopo la soppressione nel 1978, sono passate in parte ai comuni, in parte all'Inps, in parte all'Inam), mentre del ministero dell'Agricoltura e delle foreste si dispone delle carte dell'Ufficio provinciale statistico economico dell'agricoltura - UPSEA di Rieti, dell'Ispettorato ripartimentale delle foreste di Rieti (le cui competenze sono ormai regionali) e di quello, particolarmente importante, della Cattedra ambulante e Stazione sperimentale di granicoltura "Nazareno Strampelli" di Rieti, che è stato recuperato nel 2017 presso la sede della stazione a rischio per via dello sciame sismico iniziato nel 2016 con il terremoto di Accumoli e Amatrice. Quanto al ministero dei Lavori pubblici, l'Archivio di Stato custodisce, purtroppo con varie lacune determinatesi al tempo del passaggio dell'ufficio alla Regione, le carte del Genio civile di Rieti.
Sul fronte della documentazione militare, l'Archivio ha ricevuto e continua periodicamente a ricevere i versamenti dei vari uffici di leva competenti per il suo territorio (vedi anche la pagine dedicata alle ricerche per corrispondenza).
Sono stati inoltre acquisiti al patrimonio dell'Archivio di Stato anche parti degli archivi di due storici istituti scolastici statali di Rieti, la Scuola media statale Angelo Maria Ricci (1978-1988) e il Liceo ginnasio statale Marco Terenzio Varrone (1887-1954).
